贯彻实施国家有关药品、医疗器械、保健食品监督管理稽查制度，依法查处辖区药品、医疗器械、保健食品违法案件；组织实施药品、医疗器械、保健食品的监督检查和产品抽验，承办发布质量公报；负责中、蒙药材集贸市场和药品交易会的监管；负责处理上级部门交办的违法案件；负责处理药品、医疗器械、保健食品质量投诉和举报；配合保健食品化妆品管理科做好保健食品审批发证现场验收工作；负责开展药品、医疗器械、保健食品广告监测和违法广告移送、上报和通报工作；组织开展农牧区药品监督网络建设工作。
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